Gipuzkoa Basket 2001eko maiatzaren lehen egunetan jaio zen. Gipuzkoako Foru Aldundiak Miguel Santos-i Gipuzkoan saskibaloi proiektu bat gidatu zezan proposatu zion.
Aitor Uriondok GBC-ren LEB2-ko lehenengo denboraldiko taldea zuzentzen du, 2001-2002. Hurrengo bi denboraldietan klubak ezin du talde profesionala mantendu, baina bulegoetan gestioak jarraitzen dira eta 2004-2005ean anbizio handiko proiektu bat eratzen da Bruesa Taldea enpresa gipuzkoarraren inplikazioan oinarritua. Porfi Fisac teknikariak Bruesa GBC liga erregularreko bigarren postura eramaten du, baina La Laguna talde tenerifetarrak taldea igoerako playoffetan kanporatzen du. Momentu horretan, Zuzendaritza Batzordeak LEB1erako Algecirasen plazaren erosketa abalatzea erabakitzen du.
2005-2006 denboraldian klubaren LEB1ean estreinaldia ezin hobea da. Hasiera zail baten ondoren, taldea hobetzen hasten da eta liga erregularra bosgarren postuan amaitzen du mailaren errebelazioa izanez. Bruesa GBC-k dinamika positiboa mantentzen du playoffetan zehar eta ACB-ra igotzen da erabat beteta dagoen Josean Gasca batean Leonen aurka. Egun batzuen ondoren LEB1eko titulua lortzen du Murtzian.
Igoera lortu ondoren, klubak erloju kontra lan egiten du baldintza guztiak betetzeko eta ACB-n parte hartu ahal izateko 2006-2007 denboraldian. Kluba San Sebastian Gipuzkoa Basket deitzera pasatzen da eta Illunbeko pabiloian jokatzera. Maila honetako lehenengo urtean, klub gipuzkoarra ikusle etortzean bigarrena izatea lortu zuen eta lehenengoa abonatu zenbakian ACB osoan. Babes horren arren, taldeak ez du iraunkortasuna lortzen eta LEB1era bueltatzen da.
San Sebastián Gipuzkoa Basketek Kirol Sozietate Anonimoan bilakatzen erreakzionatzen du jaitsieraren aurrean, etorkizunean ACB-n lehiatzeko derrigorrezko baldintza. Asmo deklarazio hau kantxan Pablo Lasok aulkitik burututako kirol proiektu sendo batean adierazten da. Bruesa GBC-k oztopo guztiak gainditzen ditu Urrezko LEB-ean eta ACB-n plaza berreskuratzen du Cacereseko Final Four-ean. 2008ko udan lehenengo Ohiko Akzionista Batzordea ospatzen da eta Administrazio Kontseilu berria onesten da.
2008-2009 denboraldian Bruesa GBC ACB-n irrikitutako iraunkortasuna lortzen du 7.000 abonatu baino gehiagorekin, proiektuan 100 enpresa inplikatuekin eta 8.000 zaleetako jendetza batezbestekoarekin.
Seguros Lagun Aro babesle nagusi bezala iristerakoan, San Sebastian Gipuzkoa Basketek 2009-2010 denboraldiari Gipuzkoako gizartearen ilusioa pizten duen kirol proiektu berri batekin aurre ematen dio. Pabiloia Donostia Arena 2016 deitzera pasatzen da. Denboraldi horretan eta hurrengoan taldeak iraunkortasuna lortzen du, biak klasifikazioaren 14. postuan.
Pablo Laso Real Madrilera doa eta Sito Alonso 2011-2012 denboraldian klubaren laugarren entrenatzailean bilakatzen da. Hasiera zail baten ondoren, taldea gainditzen da eta gorako bolada ikaragarri bat mantentzea lortzen du. Bidean gertaera gogoangarriak lortzen ditu klubeko historiarako Bartzelonako Erregearen Koparako klasifikazioa lortzen, denboraldia 5. postuan amaitzen eta Valentziaren aurka Playoffeko lehenengo fasea jokatzen.
Hurrengo denboraldia klubaren historiako zailenetariko bat da. Gipuzkoa Basketek aurreko kurtsoan bosgarren postuan klasifikatu ondoren lortutako lehiaketa europarrari uko egin behar dio. Horrekin taldearen prestaketa ere trabatzen da eta taldeak ez du denboraldi erdira arte egonkortasunik aurkitzen. Momentu horietara arte sufritutako ustekabeak atzean geratuko direla dirudi, baina azken esfortzu bat egin arren, kirol emaitza txarrek taldea beherapen postuetara bidaltzen dute.
Leb mailatik igoera lortu duten taldeek ezin dituzte ACB-ren baldintzak bete eta ezin dira inskribatu, beraz Gipuzkoa Basket urte berri batez Endesa Ligan mantentzen da lehiaketak eskatzen dituen betebehar ekonomiko guztiak konplitu ondoren. Baliabide eskasekin, GBC-k denboraldi-aurre on bat egiteko talde orekatu bat osatzen du eta ilusioz eta indarrez beteriko proiektu bat eskaintzen du berriro.
2015/16 denboraldian ACB Mailatik jaisten amaitu genuen urte gogor baten ondoren, eta Klubak taldea Urrezko LEB mailan ateratzeko erabakia hartu behar izan du. Erabaki honekin, Klubak Gipuzkoa konkistatu zueneko espiritua berreskuratu nahi du, hasierako baloreetara itzuliz zaleak berriz ere proiektuarekin bat eginez, eta baita oreka ekonomikoa berreskuratu. Horretarako, taldeak Jose Antonio Gaska Kiroldegian jokatuko ditu etxeko partidak. Denboraldi bikain baten ondoren, Porfi Fisac-ek entrenatutako taldeak igoera lortzen du berriro Urrezko Leb ligako fase erregularra irabazi ondoren.
2017/18 denboraldian, saskibaloi nazionaleko maila gorenera itzuli zen taldea. Porfi Fisacek zuzentzen zuen taldeak denboraldi ona egin zuen hamahirugarren postuan amaituz. Hala ere, 2018/19 denboraldiko lehen itzulia gogorra izan zen. Otsailetik aurrera, ordea, egoera zailari buelta emateko modua aurkitu zuen taldeak. Hala ere, azken segundoan Montakit Fuenlabradaren aurkako porrotak taldearen itxaropenak galtzea eragin zuen eta ezin izan zuen Endesa ligan jarraitu.
2019/20 denboraldian, Urrezko LEB Ligara itzuli da Kluba, eta zuzendaritza berriaren lehenengo denboraldi osoa izango da. Marcelo Nicola entrenatzaile berri bezala eta aurpegi berriz osatutako taldeak ilusioz hasi du denboraldia. Horrela, zaleek Endesa Ligarekin amets egitea lortu dute.
Printzesaren Koparen lorpena
2019/2020 denboraldian Delteco Gipuzkoa Basketek, Printzesaren Kopa irabazi zuen klubak, 55-62 irabazi zion Carramimbre Valladolidi, eta etxetik kanpo kopa hori irabazi zuen lehenengo kluba bihurtu zen. John Dee izan zen partidaren MVPa, eta 17 puntu lortu zituen.
2020/21 denboraldian, taldea Endesa Ligara itzuli zen zuzendaritza berriaren bigarren urtean, taldearen gidaritzarekin hasieratik eta Marcelo Nicola taldearen buru zela. Taldeak aurreko denboraldiko ia multzo bera du, baina aurpegi berriren batekin, Jaime Echeniquerena kasu, denboraldia ilusioz hasten ari da, taldetik Espainiako txapelketa nagusira itzultzean paper ona egiten saiatzeko.